1932年，鉴于真如校舍已于3月被敌军占据，学校决定在学生集中的上海租界、苏州、广州三地分别办学。当时驻赫德路的商学院暂设两系——政治经济学系和铁路管理系，所开课程，均为必需而重要者，简而不漏。同年9月，劫后的真如校园喜迎新学年，商学院设有会计系、银行系、国际贸易系、铁道管理系及工商管理系。程瑞霖为商学院院长，他对发展商学院的工作要点有：增进教学效率，加严考试方法，注重实际研究，开办学校银行以供学生学习；利用假期出发实习、调查，提高新生标准等。

    战争态势的不断扩大，使暨南大学被迫南迁闽西北建阳。建阳时期的商学院下设会计银行、国际贸易、工商管理等3个学系。地理、物质条件的限制，给延聘教授增添了许多不利因素，但学校崇尚开明办学、自由研究，以及何炳淞校长的学者风度，仍吸引了许多著名学者到暨大任教和讲学。当时商学院颇负盛名的教授有周宪文、孙怀仁、卓如、卢怀道、陈振铣、吴裕后等。孙怀仁为财经学家，后出任上海商学院院长等，他的经济学、财政学对学生教育、影响颇大。还有卓如的经济思想史，卢怀道和陈振铣的会计学，吴裕后的国际贸易、关税政策、人事管理等等，均深受学生的欢迎和好评。

    除了授课，当时还有很多外地知名学者到商学院讲学，如浙江大学李培恩校长开设的国际金融专题讲座，上海中央银行陈行长讲授金融学一个学期，听者踊跃，备受欢迎。1944年秋，厦门大学王亚南博士开设的中国社会经济改造问题研究讲座，虽移至可容纳数百人的大礼堂教授，仍座无虚席，有的老教授也冒着刺骨寒风前来听讲。

    王亚南讲中国经济问题自成一派，他的讲稿不久整理成一本专著——《中国经济原论》，在当时的学术界引起强烈反响。教授卢怀道和助教王哲镜合译《会计学》一书，和许汉炳教授所译印度薛赍著的《财政学》一书，均公开出版，后者还列为商务印书馆的大学丛书之一。

    抗战胜利后，南迁闽北的暨南大学复员上海。当时享誉东南亚的商学院为暨大各学院中历史最悠久的学院，设有银行、会计、国际贸易、工商管理4个学系。上海解放后，商学院及文学院、法学院一起合并与复旦大学的同院系。